两者最大的区别是提起诉讼的组织不同；当事人自己提起的诉讼为自诉，检察院依职权提起的诉讼为公诉。

自诉案件包括：

侮辱罪，诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪，虐待罪，侵占罪。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第二百一十条 自诉案件包括下列案件：

(一)告诉才处理的案件;

(二)被害人有证据证明的轻微刑事案件;

(三)被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。

《刑事诉讼解释》

第一条 人民法院直接受理的自诉案件包括：

（一）告诉才处理的案件： ⒈侮辱、诽谤案（刑法第二百四十六条规定的，但严重危害社会秩序和国家利益的除外）； ⒉暴力干涉婚姻自由案（刑法第二百五十七条第一款规定的）； ⒊虐待案（刑法第二百六十条第一款规定的，但被害人没有能力告诉或者因受到强制、威吓无法告诉的除外）； ⒋侵占案（刑法第二百七十条规定的）。

（二）人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微刑事案件： ⒈故意伤害案（刑法第二百三十四条第一款规定的）； ⒉非法侵入住宅案（刑法第二百四十五条规定的）； ⒊侵犯通信自由案（刑法第二百五十二条规定的）； ⒋重婚案（刑法第二百五十八条规定的）； ⒌遗弃案（刑法第二百六十一条规定的）； ⒍生产、销售伪劣商品案（刑法分则第三章第一节规定的，但严重危害社会秩序和国家利益的除外）； ⒎侵犯知识产权案（刑法分则第三章第七节规定的，但严重危害社会秩序和国家利益的除外）； ⒏刑法分则第四章、第五章规定的，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的案件。本项规定的案件，被害人直接向人民法院起诉的，人民法院应当依法受理。对其中证据不足，可以由公安机关受理的，或者认为对被告人可能判处三年有期徒刑以上刑罚的，应当告知被害人向公安机关报案，或者移送公安机关立案侦查。

（三）被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，且有证据证明曾经提出控告，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件。